抗日战争胜利后，1945年11月6日，国民党政府成立了以秦德纯为主任委员的战争罪犯处理委员会，并相继在各地逮捕和审判日本战犯。其中，以南京审判最著名，影响最大。
南京军事法庭全称“国防部审判战犯军事法庭”，成立于1946年2月15日，直属国民党政府国防部。石美瑜任庭长，王家楣为主任检察官，陈光虞、李波、徐乃堃、高硕仁、施泳等为检察官，陆起、李元庆、林建鹏、叶在增、孙建中、龙钟煌、张体坤等为审判官，统一审判由中国驻日代表团引渡和从全国各地法庭移交的日本战犯。
审判南京大屠杀要犯谷寿夫
南京大屠杀的首恶、曾任日本第六师团中将师团长的谷寿夫在战后作为战犯嫌疑在东京被驻日盟军总部逮捕，经中国方面要求，于同年8月被引渡到中国。
为了保住自己的性命，谷寿夫冥思苦想出无理狡辩的“三部曲”：首先是矢口否认有南京大屠杀：“我在南京大街上连个死人也没有看到过，甚至连杀人的事都没有听说过，只是在战争结束后，从报纸上看到有南京大屠杀这回事。”其次是面对大量事实，把罪责推个一干二净。谷寿夫以退为进狡辩说：“南京不幸事件的中心点是在城内中央部以北，下关方面的扬子江沿岸及紫金山方面，在此等地方的主力为第十六、九、十一、一百一十、十三、三等各师团及重藤支队（旅团）等兵团之行政区，与我第六师团无关。”第三是“即行调转”不在现场说。这是谷寿夫在“陈述书”中拿出的自以为最厉害的一招：“我师团于入城未几，即行调转，故无任何关系。”
为做好对谷寿夫的审判，中国法官在南京红十字会负责人和掩埋尸体的人陪同下，到中华门外花神庙的万人坑实地视察，又从南京中山码头、草鞋峡、燕子矶、东岳庙、斩龙桥等地取回大量证据。同时，在南京各城区广贴征求罪证的布告，动员受害、目击群众起来揭露谷寿夫的罪行。在此基础上，他们开庭几十次，传讯了一千多名中外证人，拿到了侵华日军为炫耀武功自己拍摄的电影、写的日记、报刊和中外有关书籍，确定日军在南京一地屠杀了三十余万非武装的中国人。并据此写出针对谷寿夫罪行的有份量的起诉书，对谷寿夫可能采取的狡辩战术进行了充分分析，制定了有针对性的审判方案。
经过三个月的准备，1946年12月31日，南京军事法庭检察官陈光虞以战犯谷寿夫破坏和平罪和违反人道罪正式起诉，并请科处极刑，以维护世界正义。
1947年2月6日，中国国防部审判战犯军事法庭在南京黄浦路口的励志社（现在的南京市中山东路307号）大礼堂，对南京大屠杀首犯、侵华日军第六师团长谷寿夫开庭公审。
石美瑜庭长庄重地宣布公审开始后，公诉人陈光虞严正地宣读起诉书，起诉书控诉谷寿夫1928年任第三师团长期间入侵山东济南等地，参与制造济南惨案：1937年率第六师团入侵华北，沿途纵部任意抢劫居民，强迫中国妇女做肉体的慰劳，旋即直扑南京参加大屠杀，被害者几十万人。
谷寿夫拒不认罪，当法庭宣布指定梅祖芳、张仁德两个律师为他辩护时，他傲慢地拒绝说：“我比律师先生更了解事实。”法官叶在增质问他：“被告谷寿夫，你对检察官指控你在南京大肆屠杀无辜百姓的犯罪事实，还有什么话说？”
谷寿夫却把早已准备好的开脱之词抛了出来：“军人以服从命令为天职，我奉天皇之命向中国作战，交战双方都要死人，我深表遗憾。”
法庭当即宣布：“请受害人提供证据！”
白增荣、梁廷芳两人首先登上证人台，指着谷寿夫揭露，在1937年12月16日下午6时，麇集在南京华侨招待所的五千余难民，被谷寿夫的部队押往中山码头，疯狂地用机枪扫射，然后把尸体弃往江中，白增荣、梁廷芳两人中弹受伤，也被日本兵投往长江，与尸体一同飘流，得以幸免。
姚加隆登台控诉说，12月14日他带领全家在中华门斩龙桥避难，被谷寿夫的部队发现，他的妻子被轮奸杀害，8岁的幼儿、3岁的幼女因在一旁哀求，被丧尽天良的谷寿夫部属用枪尖挑入火中，活活烧死。
面对事实，谷寿夫仍矢口否认：“我部是有文化有教养的军人。两军对垒造成的伤亡不可避免。至于百姓伤亡，可能是别的部队的士兵干的。”
中国检察官当即宣读了郭岐写的《陷都血泪录》。郭岐原是中央军校教导总队的辎重营中校营长，南京沦陷时没有来得及逃出，在铁蹄下的南京停留三个月，根据他亲眼目睹的事实，写了《陷都血泪录》。此时它成了审判谷寿夫的有力证词。
石美瑜接着请郭岐出庭作证。郭岐怀着悲愤的心情作证说：“谷寿夫率军侵占我国南京，他们的暴行史无前例，罄竹难书，本人提供的证词，不仅是亲眼目睹，而且事实可考。”然后，郭岐向谷寿夫发起质问：“请问，攻陷南京时，谷寿夫君的部队驻在何处？”
谷寿夫回答：“我部驻在中华门。”
郭岐说道：“对了，我的《陷都血泪录》列举的惨案事实，都发生在中华门一带，正是你部残酷屠杀中国百姓的铁证！”
谷寿夫以悲天悯人的口吻不得不承认铁的血腥事实：“恭聆郭先生所述供词，确实太残忍了。”但他话锋一转又狡辩说：“不过，我部进驻中华门时，该地居民已迁徙一空，早已没有屠杀对象。我曾一再教育部队严守纪律，不乱杀一人。”
为戳穿谷寿夫的狡辩，石美瑜下令：“把中华门外万人坑内被害者的颅骨搬上来！”一颗颗颅骨被搬到审判席上，参加挖掘被害人尸骨的法医潘英才说明红十字会当时所埋尸骨及中华门外被谷寿夫部队屠杀的无数平民，大部分有被日军枪杀及被铁器打死的伤痕，从颅骨底部的切痕完全可以看得明明白白：全都是用刀砍下来的！
接着，当时的红十字会副会长许传音出庭作证，叙述他亲眼所见日军到处烧杀抢劫、奸淫妇女的罪行，证明当时红十字会曾掩埋被害人尸体四万余具。
八十多位南京市民相继走上法庭控诉日军暴行。
面对此情此景，中国法官质问谷寿夫是否认罪，谷寿夫却仍说不知道这些情况。
法庭出示了一组日本侵略者自己拍的照片。1938年1月，在“华东照相馆”做事的罗瑾给一个日本少尉军官冲洗两个120“樱花”胶卷。罗瑾在漂洗照片时被日军的暴行惊呆了，就把日军砍杀中国人的现场照片加印了几张，几次下来，共有三十多张，他把它保存在自制的相册里。照片反映了日军对中国人民的残暴肆虐。
美籍金陵大学教授史密斯作证说：“南京安全区成立时，本人即为该区委员会之秘书。日本军队进城后，安全区之人民曾受非常之虐待，本人不得不向日本大使馆抗议。日本人曾要求以事实证明，乃开始作报告，并将每件事实附诸抗议书中。”金陵大学教授贝德士出庭作证说：“自1937年12月13日日本军队进入南京后，在广大范围内放火、抢劫、杀人、强奸平民，枪杀被认为是中国军人的非武装人民，情势万分严重，达三星期至七星期之久。前三星期内，尤其是前七天至十天内，对损害生命所犯之罪恶无可指数。本人曾亲见日本枪毙中国旗民，满城各街尽是死尸。”
谷寿夫对四周深深鞠躬，装出十分沉痛的样子说：“恭聆诸位先生的证词，那些事实的确是太残忍了。不过，凡此种种我并不知情，我也没有下达过残害中国人的命令。”
中国审判官又传英国《曼彻斯特卫报》记者田伯烈出庭作证，用他所著《现代史上破天荒的残暴记录》里的铁的事实，揭露谷寿夫部队犯下的滔天罪行。接着，美国《纽约时报》驻南京特派记者出庭宣读《南京大屠杀的目睹记》。
对此，谷寿夫仍推说全然不知。
为制服谷寿夫，石庭长命令拉开银幕，先放映日军拍摄的新街口屠杀现场的纪录片，再放映美国驻华使馆新闻处拍摄的谷寿夫部队在中华门附近的暴行影片，当看到自己在屠杀现场指挥的镜头时，谷寿夫顿时瞠目结舌，旋即又镇定下来，要求传证日本军官小笠原清出庭作证，石美瑜表示同意。
小笠原清说自己原是日本陆军大学学生，未参加进攻南京作战，但一直在研究南京战役，据他研究的结果，认为当时雨花台是中日双方激战的地方，中华门一带早就没有了居民，故无屠杀对象，因而断言谷寿夫部队没有暴力行动。
检察官陈光虞驳斥小笠原清的辩护之词说，谷寿夫部队会攻南京之时，证人小笠原清尚在日本求学，徒以臆测漫谓被告部队在南京并无暴行，这种脱离史实的唯心主义研究，必然得出违反事实的结论，自属无可采信。
小笠原清灰溜溜走下证人席。谷寿夫并不死心，又提出传第六师参谋团长下野一霍等三人出庭为他作证。
1947年2月25日再次开庭时，石美瑜当庭通知谷寿夫：“被告谷寿夫申请传会攻南京之将领柳川军参谋长田边盛武、第六师团参谋长下野一霍、坂井德太郎出庭作证。本庭查田边盛武三人既参与会攻南京之战，他们对于南京大屠杀案均有共犯嫌疑。本庭正拟引渡办法，并无作证价值。应依刑事诉讼法第279条将被告之声请驳回。”
2月28日，谷寿夫再次向法庭提出要求传讯田边盛武等人，以“明确事件的真相”。南京法庭再次予以拒绝：“田边盛武等人均系参与会攻南京之高级军官及参谋长官，对于实施有计划之南京大屠杀事件，本有共犯嫌疑，纵使该嫌疑犯等到庭为被告所预期之陈述，亦不外瞻徇袒庇，自难据为被告有利之判决。兹被告犹斤斤请传该嫌疑犯等到庭作证，无非借端希图延宕。”
1947年3月10日，南京法庭对谷寿夫进行最后一次公审，谷寿夫黔驴技穷，硬说南京法庭对他提出的证据都是假的，中国公诉人指出，对南京法庭提出的铁证，谷寿夫竟以空言抹煞，妄指为伪造，可谓毫无理由。综上各点抗辩，均属狡展图卸，殊无可采。
谷寿夫蛮横地为自己辩解，反复叫嚷：“我并没有下达过肆虐于华人的命令。”
证人郭岐登台质问：“谷寿夫，我请问你，在日军攻陷南京以后，你是否曾经下达过命令，解散军纪三天？”
谷寿夫被击中要害，瞠目结舌，无言以对，重重地低下了头。
最后，石美瑜开始宣读了《战犯谷寿夫判决正本》，根据《海牙陆战规例》、《战争罪犯审判条例》，作出庄严判决：“谷寿夫在作战期间，纵兵屠杀俘虏及非战斗人员，并强奸、抢劫、破坏财产，处死刑。”
1947年4月26日中午，谷寿夫在南京雨花台被执行枪决。
处决杀人狂酒井隆
1946年5月30日，南京军事法庭开始对日军第二十三军司令官酒井隆进行公开审判。
酒井隆一开始就说他不像谷寿夫那样纵使部属杀害十几万中国人，他一直对中国“友好”。
中国公诉人历数了他在中国的众多罪行。
1928年4月，时任日本驻济南武官的酒井隆建议日本政府：乘蒋介石二次北伐进入山东之机，以保护日侨为借口出兵山东。随后，他擅自要求第二次出兵山东的第六师团长福田彦助进军济南，与蒋介石的北伐军对峙。5月3日早上8时，酒井隆等三人拜会蒋介石，诡称中国军队进入济南，“军纪风纪都很好，很守秩序”，日军今天就要撤离济南，特来辞行。在蒙骗蒋介石放松警惕后，日军向中国军队发起进攻，造成中国军民死亡6123人，伤一千七百多人，财产损失达2957万元的济南惨案。
酒井隆对此百般抵赖，中国公诉人出示一件日本历史文献并当庭宣读：“（济南惨案）一说系由酒井武官密令特务机关之一员，在中日两军之间向双方射击而引起！”
1935年5月，时任日本天津驻屯军参谋长的酒井隆，利用天津亲日报人胡思溥、白逾醒相继被杀和在热河南部进行抗日活动的孙永勤部队退入遵化县两件事，和日本驻北平公使馆副武官高桥坦密商，征得日本参谋本部批准，二人往见北平军分会代理主席何应钦，说这两件是中国方面扰乱日本的行动，要求中国军队撤出华北。6月9日，二人再见何应钦，要求撤换驻守河北的第五十一军军长河北省主席于学忠、撤换天津市长张廷谔、罢免在天津的宪兵第三团长蒋孝先等。酒井隆并亲自起草备忘录，内容是：“迳启者：6月9日酒井参谋长所提各项均承诺之，并自主的期其遂行。特此通知。此致，梅津司令官阁下。何应钦民国24年7月6日。”在他的威胁下，何应钦呈请蒋介石批准，签署了《何梅协定》，酒井隆提出的侵略要求全部得到实现。
“七七”事变后，酒井隆任日军第二十八旅团旅团长，率军入侵中国，在河北、山西、河南烧杀抢掠，无所不为。
1938年6月后，酒井隆先后任张家口特务机关长、日本内阁“兴亚院”蒙疆联络部长官、日本驻蒙军军附等，网罗蒙奸、汉奸，拼凑成立“蒙疆联合自治政府”。
1941年11月酒井隆任驻广州的侵华第二十三军司令官。在广东，他怂恿、放纵部下毒打孕妇，轮奸妇女，用刺刀挑开中国少女腹部，用少女的鲜血喂酒井隆豢养的狼犬。
太平洋战争爆发后，酒井隆指挥日军攻占香港，出任“代理总督”，对香港进行了两个月血腥大屠杀。他命令日军官兵以搜捕反日分子为名，疯狂地进行大屠杀：凡是日本侵略者认为可疑的人，都开枪射杀；见妇女就强奸，遇财物就抢劫，很快便使香港、九龙尸体遍地，血流成河。
酒井隆的部队还肆意虐杀、侮辱俘虏，从英国、加拿大转来的控诉材料，指控日军官兵将英国炮手麦当诺、加拿大枪手麦克等俘虏，丧心病狂地挖眼睛，割舌头，凌迟致死。“倒卧（香港）红十字医院病榻疗伤之英籍病俘，悉遭刺杀或枭首，刀剑砰轰与呻吟哀号齐鸣。红十字会英籍女护士戈登等并遭轮奸。”
法庭上，公诉人宣读了原香港“副总督”平野茂的证词，平原茂称：“香港居民通过日中、日俄之战以及这次香港之战的亲身体会，充分了解日本军队是极其无人道的野蛮、残忍的军队。占领香港初期，家家紧闭双扉，一连多天路无行人。妇女害怕被强奸，雉发改扮男装以避凶险，许多妇女为了逃避被奸辱的厄运，穿上普通老百姓的衣服，加上补绽，脸上用墨或用泥涂黑，在天明前或深夜逃过日本警备部队的警戒线，陆续潜往广东腹地或向桂林、上海逃亡。逃亡的数字很大，我记得那时有名的中国女电影明星胡蝶就是逃出香港的。”
酒井隆指挥日本侵略军在广州汕头附近及海南岛北部，进行“治安作战”，为“警备主要交通运输线”，疯狂地屠杀百姓。
酒井隆亲自杀人。在九龙，他看见一对年轻夫妇在街上相偎而行，便抽出军刀在这对夫妻身上各刺一刀，眼睁睁看着这对恩爱夫妻在马路上痛苦挣扎，哀号而死，他却在一旁哈哈大笑。
南京军事法庭经多次审理，认为酒井隆不仅和谷寿夫一样纵兵杀人，而且亲自挥刀杀人，甚至从北伐战争起就参与制造济南惨案，中国外交交涉员蔡公时就是酒井隆带人杀害的，他在中国作恶时间之长，手段之恶劣，都超过土肥原和板垣，8月27日，正式判处酒井隆死刑。
9月30日，酒井隆在南京毙命。
惩处杀人狂向井敏明、野田毅、田中军吉
1937年12月13日的《东京日日新闻》，在醒目的位置刊登了两个日本军官各举着一把日本武士刀、狰狞狂笑的照片，报道的标题是《超纪录的百人斩》，照片左侧并有引人注目的注释：“百人斩竞争之两将校”。记者浅海光本在报道中说：向井少尉与野田少尉举行杀人的友谊比赛，谁先杀死100个中国人，谁就赢得了锦标。他俩碰头的时候，向井已杀了106人，野田已杀了105人，两人拿着砍缺了口的军刀相对狂笑。他俩虽都超过了100人的记录，但无法断定谁是先杀够了100人的胜利者，两人同意不以百人为标准，而以150人为标准。
中国参加远东军事法庭的检察官检获该报后，立即报告国内。经向驻日盟军总部交涉，向井敏明、野田毅被驻日盟军派国际宪兵逮捕归案，引渡中国。
1947年12月18日，南京军事法庭对野田毅、向井敏明进行公审。
这两个战犯矢口否认其罪行。野田毅为自己狡辩：“日本随军记者浅海和我开玩笑说，‘已将你在南京杀了一百多人的消息寄回日本，可以请奖’，我当时就告诉他这个玩笑开不得。”向井敏明更否认自己的罪行，一口咬定根本就没有进行过杀人比赛。
中国检察官龙钟煜出示浅海光本等人在《东京日日新闻》上的报道和照片，野田毅两个硬不认帐。龙钟煜又出示1937年12月英文《日本公告报》的文章，该文指出：“向井敏明少尉和野田毅少尉举行杀人友谊比赛，看谁能在完全占领南京之前，首先杀死100名中国人。现在他们的比赛要接近尾声。朝日新闻从前线发回的报道说，星期日，他们的比赛成绩如上：向井敏明少尉杀死89人，野田毅少尉杀死78人，目前胜负难以分清，比赛还在继续。”龙钟煜接着出示1937年12月《大美晚报》的文章有力控诉说：“（1937年）12月10日中午，两个日本军官各执已成缺口之刀，会聚一起。野田说：‘我已杀105人，你杀了多少？’向井说：‘我都已经杀106人了。’两人相视哈哈大笑，向井多杀了一个人，但无法确定谁先杀到100人。两个相约将比赛目标发展到150人。从昨日开始，他们已向杀150人的目标努力。”龙钟煜谴责两个战犯的杀人比赛受到日本军部的大力宣传，日本各地吹捧杀人精神的信件雪片般飞到中岛部队，许多日本青年受到蛊惑，挥舞起日本武士刀到中国进行丧心病狂的大屠杀。
公诉人又出示英国记者田伯烈所著《日军暴行事实》，有力地作出结论：综上参互以观，则被告向井敏明、野田毅系南京大屠案之共犯，实属毫无疑义。
向井敏明又狡辩说：“《东京日日新闻》系虚伪登载，记者浅海专为我颂扬武力，以博日本女界之羡慕，希望能早日获得佳偶，因此毫不足信。”
野田毅也顺着杆子爬：“对，我那时是个单身汉，为了回国后好找老婆，所以找记者浅海虚构了这条消息。没想到这虚构的消息竟然传遍日本，传遍世界，今天反倒成了要我们命的证据，真是天大的冤枉，真后悔死了！”
公诉人据理驳斥说：“在日本侵华战争期间，日本当局对于军事新闻之统制检查本极注重，而《东京日日新闻》系日本重要媒体，如果该被告等并无此杀人竞赛之事实，绝无故为虚构以巨大篇幅专为该两个被告等宣传之理。况该项新闻之登载，既经本庭引用上开各项确凿证据予以证实，即非通常传闻者可比，自得据为判决之基础。至谓以杀人为竞赛之凶残兽行，可作征婚广告，以博女性欢心，更为现代人类史上所未前闻。其抗辩各节，均属无可采信。”
向井敏明和野田毅被驳得哑口无言。
1947年12月18日下午，南京军事审判法庭宣判向井敏明、野田毅：“按被告等连续屠杀俘虏及非战斗人员，系违反海牙陆战规例及战时俘虏待遇公约，应构成战争罪及违反人道罪。其以屠戮平民，认为武功，并以杀人作竞赛娱乐，可谓穷凶极恶，蛮悍无与伦比，实为人类蟊贼，文明公敌，非予尽法严惩，将何以肃纪纲而维正义。”
南京大屠杀的刽子手向井敏明、野田毅被判处死刑。
随着，南京军事法庭审判了残杀300个中国人的杀人狂田中军吉。
田中军吉的罪行也是参加东京审判的中国法官搜查发现的。田中军吉于1947年5月被引渡押到中国。
1947年9月20日，南京军事法庭决定对田中军吉提起公诉。理由是田中军吉1937年七七事变后来华充任侵华日军第六师团中队长，在谷寿夫率领下参与南京大屠杀。他在作战期间，违反战争法规及惯例，肆意杀戮中国平民，并持刀砍杀绑跪不知姓名之中国人一名，查获其斩杀300人之队长爱刀助广之照片一张为证，因而必须作为战犯予以严惩。
与其他日本战犯一样，田中军吉矢口否认其罪行。他承认称作“助广”的刀是他的，在作战时佩带该刀，在南京作战时也佩带该刀，但否认屠杀中国军民三百余人。
中国检察官拿出日本报纸问他：“东京报纸上印着你的照片，说你作战很勇敢。你否认这张照片吗？”
田中军吉辩解说：“照片上的人似乎很像我本人，不过并不是我。”
中国检察官又出示日本的《皇兵》一书，书中登载着被告的军刀照片，并配以“曾斩三百人之队长爱刀助广”的说明词。书中还有署名田中军吉的文章。
在事实面前，田中军吉供认“我曾投稿于《皇兵》一书”，但诡称没有杀人。
石美瑜：“没有杀过人就这样写了吗?”
田中军吉：“这是山中丰太郎的创作，是为了宣传才这么写的。”
而田中军吉在其辩言中的说法却与此相左，他写道：“《皇兵》因为是士兵真实的写照，没有夸张和虚构，字里行间溢满着前线将士的心情，而被视为前线部队最初的完全的现地报告，所以在出版前就引起广泛的注意。”他炫耀说此书受到冈村宁次等军界头领的举荐，外相松冈洋右更是认为此书值得向国外推荐，并亲自题写了书名。他以陶醉的情调写道：“‘皇兵’这两个字是一种至上的名誉，松冈的挥毫也是很难得的。”
石美瑜接着问：“在南京大屠杀时你杀过三百个人，是吗?”
田中军吉并不松口：“没杀过。”
“你别的还杀过多少人呢?”
“在通城杀过一个人，杀三百人是没有的事。”
“就是这张照片上的吗?”石美瑜又亮出一张照片。这张照片记录了田中军吉挥刀砍杀中国人的情景，并附有称赞他勇敢的文字，刊登在东京的一家报纸上。
“是的。”
“那为什么说这把刀杀过三百人呢?”
“是为了形容作战时表现勇敢。”
石美瑜：“你是在哪次作战中杀人的呢?”
田中军吉露出破绽：“我以前在前线部队杀过一些人，不是三百个人，那是山中自己写的，是没有的事。”
“在什么地方杀的呢?”
“正定、广济、金山以及南京的西南方一带都杀过。”
“在南京杀过多少?”
“我们是攻的一条小路，我到的时候未见到中国兵，所以未杀过。”
“你刚才还说杀过。”
“我刚才说是打仗的。”
“你不是说在正定、广济、金山及南京的西南方都杀过人吗?”
“也没杀过。”
田中军吉的供词颠三倒四，出尔反尔，不能自圆其说。尽管他百般狡辩，但大量的证据表明，谷寿夫手下的这个狂徒在南京大屠杀及历次屠杀中，用他的“助广”军刀杀害了300名中国军民。
南京军事法庭严肃作出判决：“被告田中军吉系已决犯谷寿夫之直隶部属，在谷寿夫攻陷京城实施屠杀时，曾携‘助广’军刀参与，已为该被告所自承认之事实。……被告等连续屠杀俘虏及非战斗人员，系违反海牙陆战规例及战时俘虏待遇公约，应构成战争罪及违反人道罪。其以屠戮平民认为武功。……爰各科处极刑，以昭炯戒。”
1948年1月28日，战犯向井敏明、野田毅、田中军吉在南京雨花台被执行枪决。
经过艰苦而激烈的较量，南京法庭共办案52件，惩治了一批侵略中国、罪大恶极的日本战犯。与此同时，各地的军事法庭也对一些日本战犯作出判决。据不完全统计，从1945年8月至1947年5月，全国共逮捕日本战犯2357名。经南京和上海、北平、汉口、广州、沈阳、徐州、济南、太原、台北等10处军事法庭的分别审讯，至1949年1月，全国各地受理案件共计2200余案，判处死刑者145人，判处有期或无期徒刑的约有四百人左右。
在华头号战犯逃脱制裁
但是，应该看到，国民党对日本战犯的审判，是很不仔细、很不彻底的。这表现在，一些罪恶昭著的战争犯罪分子没有被列为战犯，没有得到追究；一些战犯虽然被拘押，但没有认真审讯，结果无罪释放；甚至有的审判仅走了形式，欺骗人民，最后使战争罪犯逍遥法外。如太原法庭在阎锡山的控制下，装模作样地对日本第一军司令官澄田涞四郎和参谋长山冈道武审判了一下，旋即释放，并被聘任山西省总顾问和副总顾问。阎锡山并收留侵华日军为他打内战，因此在山西作恶多端的日本战犯几乎没有受到制裁。再如，冈村宁次在日记中得意地写道：“广州军事法庭一次判处40人死刑，因太过分，经联络班向国防部恳切要求，乃将被告全部移交上海军事法庭再审，结果40人全部无罪返国。”另一个叫斋藤弼州的战犯，霸占徐州柳泉煤矿，雇用流氓打手逼迫矿工在恶劣的条件下日夜不停地挖煤，动不动就对矿工施以拳棒与酷刑，致死者被抛入山沟里喂野狗。战后被判无期徒刑。冈村宁次为之申辩，说此人雇用打手是为了保卫矿产，还自制炸药奋不顾身地与来袭的匪贼进行搏斗。结果便由无期徒刑改为有期徒刑10年。
与此同时，世界上其它遭到日本侵略和与之交战的国家也对日本战犯进行了审判。审判的大体情况是：美国占领区及巢鸭军事法庭：判刑2678人，其中处死501人；英国占领区军事法庭：判刑818人，执行死刑者240人；菲律宾军事法庭：判刑197人；死刑80人；澳大利亚军事法庭：判刑533人，处决120人；苏联判处了12名日本细菌战犯的有期徒刑。而中国从九一八事变起就遭到日本的大规模侵略，日本侵略者在中国肆虐时间最长，对中国人民的欺凌和掠夺最大，但对日本战争罪犯的惩处却不如上述国家。从这个角度上，也可以看出国民党对日本战犯审判的严重缺陷。
尤其令人气愤的是，在蒋介石等人指使下，上海军事法庭竟然宣判罪大恶极的日本侵华派遣军总司令冈村宁次“无罪释放”。
冈村宁次是侵略中国历史最久，罪恶最大的战犯之一，与土肥原贤二、板垣征四郎、矶谷廉介一道，被日军誉为“中国通四杰”。日本投降后，远东国际军事法庭将冈村宁次和东条英机、松井石根一起列为甲级战犯。狡猾的冈村宁次为保全性命，百般讨好蒋介石，他遵从蒋介石的旨意，拒绝向中国共产党领导的抗日军队投降，把侵占的大中城市交给国民党；把百万侵华日军的优良武器装备交给国民党政府；把他多年在中国对付共产党的四五十份秘密文件呈送给蒋介石，并向国民党的反共献计献策。蒋介石出于其反共的需要，先是宣布冈村宁次为“中国战区日本官兵善后联络部长官”，委其以协助投降、维持治安和帮助遣返日俘日侨的重任，后来又让其改任与国民党政府的“联络班长”，使其逍遥法外。在生活上特殊优待，甚至让他以外交官身分随便活动。
远东国际军事法庭要求冈村宁次到东京出庭作证，国民党政府却以冈村宁次健康有问题予以拒绝。远东国际军事法庭又要求把冈村宁次送往东京审理，国民党政府才宣布把冈村宁次作为战争嫌疑犯拘留审查，但却优待在上海黄渡路王文成的宅邸。对此，冈村宁次在回忆录中说：“停战以来，我一直以为，作为战犯而受审的日子势必来临，现在终来到了，然而两三年来对于中国政府及军方的领导层所给予我的关照和好意，更使我万分感激。”
1948年8月23日，拖延很久的对战犯冈村宁次的审判正式开庭。
检察官施泳宣读起诉书，控诉冈村宁次作为侵华日军总司令参与发动侵略战争，纵容部下残杀无辜平民。如纵容第二十七师团长落合甚九郎，于1945年1月进犯江西时，残杀中国平民周浩平、王占明等89人；还纵容菱田元四郎、梨冈寿男、船引正之等残杀平民及掠夺财产，无恶不作。
在法庭质询中，冈村宁次有恃无恐，竭力为自己和其他战犯开脱罪责。他说对日本侵华政策从未参与策划，也不赞同。日本发动侵华战争的主谋既非裕仁天皇，也非东条英机、近卫文麿等战犯，而“猜测”是以桥本欣五郎为代表的少壮派军人。强调自己不是杀人放火的直接指挥者，不能负屠杀中国平民之责。
中午休庭期间，国民党政府国防部次长秦德纯电话指示法庭庭长石美瑜：冈村一案，暂停审理，听候命令。
对冈村宁次的审判由此中断，一拖就是几个月。
1949年1月26日，上海军事法庭对冈村宁次进行最后一次公审，规模大大缩小，仅允二十余名新闻记者旁听。
事前，石美瑜收到了一份密级极高的代电，电文大意为：据沪淞警备司令汤恩伯呈请将冈村宁村宣判无罪，应予照准，云云。文末署名“中正”。对此，冈村宁次在回忆录中谈及汤恩伯如此卖力地包庇他时，说：“由于汤恩伯（1924年至1926年间在日本士官学校读书期间）之学业成绩欠佳，结业时校方准备让他留级一年，汤恩伯闻讯后急得要命。不知怎的，又如期毕业，后来得知是我从中帮忙所致，汤恩伯对此铭心刻骨难忘。”汤恩伯则在《汤恩伯札记摘要》中直言不讳地供认这是出于勾结日本战犯共同反共的需要：“民国三十七年，对冈村宁次大将进行审判时，正值华北局势恶化，共产党对此审判也极为注意。在国防部战犯处理委员会审议本案时，行政院及司法部的代表委员均主张判处死刑或无期徒刑。我从反共的见地出发，主张宣判无罪，并要求主任委员、国防部副部长秦德纯，特别是何应钦部长出席参加审议；结果我的意见获得胜利，并经蒋总统批准。”
在蒋介石集团的高压下，石美瑜等只得起草了一份替冈村宁次开脱罪责的判决书，呈请新任国防部长徐永昌审阅同意并签章。判决书宣布冈村宁次无罪，“本案被告于民国三十三年十一月二十六日接任中国派遣军总司令官。所有长沙、徐州各会战中日军之暴行以及酒井隆在广东，松井石根、谷寿夫等在南京的大屠杀事件等，均系被告到任以前发生之事，与被告无关。被告在任期间，我军作战大有进展，日军陷于孤立，战意丧失。日本政府正式投降后，被告立即停战，率百万日军奉命投降。在此期间并无上述条款之罪行，只因身为敌军总司令官，而被列为战犯嫌疑犯。被告在任期间，驻湖南、江西、浙江等地之日军曾发生零星罪行，已由该驻军直接上级落合甚九郎、菱田元四郎等承担罪责，本庭已分别判罪，现在服刑中。以上零星罪行无以证明与被告有联系，因而不应负共犯罪责。综合以上各项，依法应判为无罪。”
这样的结果，不仅中国人民不认可，也出乎冈村宁次的意料，并认为不是太好。事后他在日记中写道：“对我的判决，军方以外各方面有的主张判无期徒刑，石审判长曾拟判徒刑7年，我自己也希望如此判处。实际上由于种种条件即使服刑也等于零，但做做表面文章也好。”
这个对中国人民犯下滔天大罪的大战犯，就这样在蒋介石集团的竭力庇护下逍遥法外了。1950年，冈村宁次摇身一变，成为蒋介石“革命实践研究院”的高级教官。
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