1945年8月8日,苏联红军向日宣战。日军处于孤立无援的境地,日本陆军参谋本部提前发出了731部队准备撤退的指令。731部队溃退前,开始炸毁设备设施,烧掉档案资料,虐杀用于做实验的“马路大”,焚尸化骨,挖坑掩埋,另一部分尸骨被抛入松花江中。8月13日,731部队约2500名成员全部乘坐特别列车逃走,石井四郎则乘专机逃回日本,他严厉命令复原者“要把秘密带到坟墓里”。各支队收到本部关于撤退的命令后,纷纷烧毁资料、文件,炸毁设施,仓皇溃逃,他们有不少人被苏军俘获。
第100部队溃逃前把各种动物或杀死,或注射细菌后放跑,所属各支队也都这样做。有不少染疫马匹、带鼠疫的老鼠被放出来,向四处逃散,致使当地疫病流行。第 1855部队的破坏工作持续了三天三夜,同时下令解散部队,把“北支那防疫供水部”的名称从华北派遣军的名册上涂去,所属官兵都转属到各陆军医院去……该细菌部队的成员全体回国了。其他细菌部队溃逃前纷纷运走所有的贵重设备,炸毁建筑物,烧毁全部器材和档案资料,绝大部分成员逃回日本,逃脱了战犯的审判。侵华细菌部队成员疏散后,所有队员都隐瞒了身份,隐居起来。
1949年12月25~30日,山田乙三等12名细菌战战犯在苏联伯力滨海军事法庭接受审判,被判处徒刑。石井四郎等一大批细菌战犯把准备进行细菌战的数据交给美国,美国免除对石井等战犯起诉。1950年7月,根据中国政府和苏联政府达成的协议,969名日本战犯被移交给中国,关押在抚顺战犯管理所。1956年,特别军事法庭对日本战犯进行了适当的处理,有1017名次悔罪表现好的日本战犯受到宽大处理,被释放回国。同年6至7月,中国最高人民法院组织特别军事法庭分别在沈阳、太原两地对45名日本战犯进行了公开审判,被判处徒刑。后分别于1959年12月、1961年12月、1964年3月被特赦回国。
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